amigo3.5.0系统
金立S9继续使用金立amigo3.5.0系统，基于安卓i6.0系统进行深度定制。金立S9提供有故事锁屏界面，多个锁屏图片可以进行切换，一改以往单调的单一锁屏图片，带来美观更多选择的图片给用户选择，而且锁屏图片还可以通过网络更新，点击文字可以进入相关的资讯文章，更可以点赞锁屏图片，一改锁屏沉闷的风格。
金立S9的amigo3.5.0系统保持了简约的风格，系统里面的图片都是扁平化的图标设计，所有的应用都是放在桌面上，没有二级应用菜单，还有文件夹功能可以更方便对手机应用的管理，操作起来也更为方便。
在桌面任意位置上滑就可以调出桌面菜单，通过桌面菜单可以对桌面进行设置，这个功能还是比较实用，提供的智能整理功能可以对桌面的图标进行整理到文件夹，方便用户对桌面图标的管理。
▲金立S9下拉菜单及开关
金立S9的下拉菜单只提供通知功能，所有的开关都没有在下拉菜单上，而amigo系统提供上拉菜单功能，所有快捷开关都在上拉菜单里，这样的设计更贴合单手操作的需要 。
▲设置界面
金立S9的设置界面也进行了重新设计，在传统的设置界面里面加入了特色功能的页面，用户可以在这个页面进入手机的特色功能，无须在设置界面进行一大论操作才能进入到想要的功能，大大提升了操作体验。
▲指纹设置
金立S9支持指纹识别功能，在金立S9系统里面可以进行指纹配置，需要录入指纹后可以设置指纹解锁，另外也支持amigo账号登陆和amigo账号支付功能，更能支持支付宝指纹支付。
▲侧边栏
金立S9的HOME键可以左右滑动调出侧边栏，侧面栏可以快速启动应用或者手机的设置，通过设置可以将常用应用添加到侧边栏，大大方便用户在应用间进行切换操作。
▲三微信
微信分身功能已经在不少的手机上实现，这次金立S9带来了三个微信、三个QQ、三个陌陌和三个淘宝的分身功能，让你可以同时登录三个账号，这个功能实用性非常强。
▲分屏功能
金立S9拥有便捷的分屏模式，在上拉菜单中可以启动分屏功能，可在同一屏幕运行两个应用，可以实现一边追剧一边聊天，横屏大小也可以调节，将窗口上拉或者下拉就可以退出分屏，操作非常简单。
▲智能相册
手机上的相册往往由于相片太多而显得混乱，而金立S9可以提供智能相册功能，金立S9的相册可以按地点、事物和人物对照片进行智能分类，让图片查看更为方便。
▲一键标记